RNA 化合物库

设计用于促进新一代药物的发现

28 000 种化合物

在过去十年中，以 RNA 为中心的药物发现发生了巨大变化，并已成为开发新一代药物以改善医疗保健中最令人兴奋的前沿领域。这一RNA研究的新阶段，也被称作‘RNA复兴’（RNAissance），得益于基因工程和基因组测序方面的最新进展。这使我们对发现针对难以治疗和无法治愈疾病的高效药物，以及新的抗生素和抗病毒药物充满了高度期待。

RNA是一种多功能的生物分子，能够传递信息、形成不同的三维结构，并对环境条件作出响应。这些生物结构能够执行广泛的生物学功能，从将遗传信息翻译成细胞中的分子机器和结构，到在发育、细胞分化、环境变化等过程中调节基因的活性。

我们专注于研究小分子与 RNA 二级结构和 tRNA 的 3D 折叠以及 mRNA（避免直接靶向 RNA 螺旋和嵌入）的三种主要类型的相互作用，并虚拟筛选 G-四链体和核糖开关的可用结构。

该库已经以最方便和快捷的方式进行了装板。使用我们的RNA库，您可以获得多项好处，使您在命中化合物的探索和优化过程中节省时间和成本：

苗头化合物确认支持：通过严格的 QC 从干库存中重新提供类似物搜索和苗头化合物样品
通过平行化学直接且经济地合成命中后续文库
通过现场广泛的 ADME/T 检测组合增强药物化学支持

典型格式

RNA 化合物库可以提供各种预装板（pre-plated）格式，包括以下最受欢迎的几种：

目录号	化合物数量	规格	储存形式	价格
RNA-28-5-Y-10	28 000 88块板	5µL@10mM DMSO溶液	384孔声学LDV微孔板第1、2和23、24列留空，每板320个化合物	立即询价
RNAS-10400-10-Y-10	10 400 33块板	10µL@10mM DMSO溶液	384孔Echo认证LDV微孔板#001-12782 (LP-0200) 前2列和后2列分别留空，每板320个化合物	立即询价
RNAR-14800-20-Y-10	14 800 47块板	25µL@10mM DMSO溶液	384孔板（Greiner#781280）前2列和后2列分别留空，每板320个化合物	立即询价
RNAG4-2800-50-X-10	2 800 35块板	50µL@10mM DMSO溶液	96孔板（Greiner#650160）第1列和第12列留空，每板80个化合物	立即询价

* 我们很乐意以最方便您项目的格式提供我们的化合物库。请在以下我们标准的微孔板中进行选择：Greiner Bio-One 781270、784201、781280、651201 或 Echo Qualified 001-12782 (LP-0200)、001-14555 (PP-0200)、001-6969 (LP-0400)、C52621，或者您可以提供您偏好的实验器具。如需化合物混合池，我们也可以根据要求提供。

下载SD文件

RNA 化合物库下载

库代码：RNA-28000
版本：2024年8月16日
28 000 种化合物

RNA 剪接子库下载

库代码：RNAS-10400
版本：2024年8月13日
10 400 种化合物

RNA 核糖开关化合物库下载

库代码：RNAR-14800
版本：2024年8月13日
14 800 种化合物

RNA G-四链体下载

库代码：RNAG4-2800
版本：2024年8月13日
2 800 种化合物

库的设计

G-四链体是通过基因组中重复的鸟嘌呤（guanine）序列形成的高阶四链结构。尽管 DNA G-四链体比 RNA G-四链体更为普遍，但 RNA G-四链体在多种生物过程中仍然发挥着重要作用，如表观遗传调控、端粒维持、线粒体 RNA 表达等。我们分析了所有已报道的 RNA G-四链体（G4s）结构，并基于 RNA 适配体（aptamers）和 h-MYC G4s 的建模创建了 6 个对接模型。

Riboswitches 是细菌 mRNA 中的调节片段，由一个代谢物结合适配体（aptamer）和一个表达平台组成。它们在多种过程中发挥关键作用，包括病毒基因的表达、基因调控功能、mRNA 编码的蛋白质的生产控制、催化反应、与其他 RNA 或调控大分子的结合等。由于哺乳动物细胞中不存在 Riboswitches，因此它们成为了发现新型抗菌药物极具吸引力的靶标。目前已经创建了超过20个对接模型，并用于以下 Riboswitches 的计算机辅助筛选：2'-脱氧鸟苷（2-deoxyguanosine）、双环腺苷一磷酸（c-di-AMP）、双环鸟苷一磷酸（c-di-GMP）、I 类 PreQ1、黄素单核苷酸（FMN）、带有 G40A 突变的 glmS 核酶、谷氨酰胺 II（Glutamine II）、甘氨酸（Glycine）、鸟嘌呤（Guanine）、L-谷氨酰胺（L-glutamine）、赖氨酸（Lysine）、metY SAM V、II 类 PreQ1（preQ1 Class II）、PreQ1、磷酸核糖焦磷酸（PRPP）、S-腺苷同型半胱氨酸（s-adenosylhomocysteine）、SMK 盒（SAM-III）、四氢叶酸（THF）、thi-盒（thi-Box）、thi-M 以及 ZTP Riboswitch。

RNA 剪接调控（RNA splicing regulation）在真核生物药物发现中被认为是最具吸引力的领域之一。通过调节 RNA 剪接，有可能成为治疗癌症和遗传性疾病最有效的方法之一。在这方面，我们重点关注了调控 mRNA 前体（pre-mRNA）剪接的关键酶，即富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子蛋白激酶（SRPKs）和类似 CDC2 的激酶（CLKs）

基于结构的方法（分子对接）已被用作构建化合物库的主要技术。分析了所有可用的 RNA G4s（四链体）、Riboswitches（核开关）、mRNAs 以及 SRPK（丝氨酸/精氨酸丰富蛋白激酶）和 CLK（CDC2 样激酶）的 PDB 结构。选择了独特的“蛋白-配体”复合物用于进一步分析和对接模型的构建。以下 PDB 结构用于 G4s：6C63、6e81、6E81、6E8S、7oa3、8EYV；Riboswitches：2hom、2miy、3b4b、3d0u、3e5e、3irw、3npn、3p49、3q50、3ski、4lvy、4nya、4nyb、4nyd、4qk8、4rzd、5c45、5ddq、6ck4、6fz0、6p2h、6qn3、6uc8、6uc9、6wzs。

药效团模型使用以下配色方案表示：红色球体 - 氢键受体，蓝色 - Hb 供体，橙色 - 芳香族基团，灰色球体代表任何其他原子类型，紫色 - 混合受体/供体基团。RNA 核碱基以绿色突出显示，天然核碱基为黄色，对接配体的示例以灰色显示。

分子对接模拟示例，以及使用的药效团模型，G-四链体

示例 1 （PDB ID 5bjp， RNA 适配体）

示例 1.潜在的配体（ligand）应包含两个芳香特征（aromatic features），以便与 G25、A24、G12 和G22 形成 π-堆积（stacking）相互作用。此外，该配体还需要能够与两个水分子（HOH）形成氢键（hydrogen bond）。

示例 2（PDB ID 6c63）

示例 2.配体（ligand）必须包含两个芳香特征（aromatic parts），以便与 G13、G18、A12 和 G29 形成 π-堆积（stacking）相互作用。在口袋的另一部分，它应该只填充由 A23 和 G24 形成的亚口袋

分子对接模拟示例，以及使用的药效团模型，riboswitches

此外，我们分析了PDB RNA配体复合物中记录的所有内容。选择四种代表最常见的RNA-配体相互作用类型，已被选择用于分子对接和查询生成——1lvj、1q8n、4lvy、6fz0 pdb项。所有查询模型都使用一小组已知的活性和非活性配体进行验证，并随后对其进行了修正。

示例 1 （PDB ID 3e5e， SAM Riboswitch）

示例 1.根据所用的药效团模型，配体应包含一个芳香族部分，通过与 U37 和 G48 的堆叠相互作用，任何原子部分只是为了填充 U37 后面的子口袋，以及 3 个氢键相互作用的供体（两个受体和一个供体）与 G7、A38 相互作用。这里需要注意的是，配体应包含药效团模型中使用的 3 个 h-键相互作用特征中的至少 2 个。

示例 2（PDB ID 3d0u，Lysine Riboswitch）