DNA 化合物库
典型格式
* 我们很乐意以最方便您项目的格式提供我们的化合物库。请在以下我们标准的微孔板中进行选择：Greiner Bio-One 781270、784201、781280、651201 或 Echo Qualified 001-12782 (LP-0200)、001-14555 (PP-0200)、001-6969 (LP-0400)、C52621，或者您可以提供您偏好的实验器具。如需化合物混合池，我们也可以根据要求提供。
库的设计
对不同的 DNA 结构进行了仔细的研究和分析：（1）G-四链体结构；G-四链体是非经典的 DNA 结构，由富含鸟嘌呤的序列形成的堆叠 G-四联体组成。这些结构由一价阳离子（如 K+ 和 Na+）稳定。G-四链体常见于 MYC 等致癌基因的启动子区域，在调节基因表达中起重要作用。理解配体与 G-四链体的结合为我们提供了潜在治疗策略，以靶向癌基因和调节基因表达。（2）双螺旋 DNA 结构是两条 DNA 链相互缠绕的基本排列。DNA 双链的完整性对细胞和生物体的稳定性和功能至关重要。DNA 双链断裂是特别严重的事件，可能导致各种后果。它们与人类综合症、神经退行性疾病、免疫缺陷和癌症的发展有关。
为了寻找潜在的 DNA 配体，分析了 PDB 和 PDBe 配体中所有可用的 DNA 结构。然后选择了以下条目进行计算机筛选：5W77、6JJ0、7KBW、5T4W、6IJW、7KWK、5Z80、6CCW、6SX3 和 7EL7。在寻找潜在配体时，主要采用了两种结合类型的方法：
• 插入：配体自身插入堆叠的 DNA 碱基对之间。
• 在 DNA 沟槽内结合：配体与 DNA 沟槽结合，而不会显著破坏 DNA 结构。
分子对接模拟使用了以下查询方式：氢键受体和氢键供体的药效团模型，芳香族基团，硬脂酸和体积排斥特征。每个药效团模型都包括共同特征和特定特征，使结合点特异于每个 DNA 靶结构及其相应的天然配体。下面提供了几个例子。
组蛋白赖氨酸甲基转移酶的分子对接模拟示例
A.次要凹槽（PDB ID 6IJW -左图）涉及 QCy-DT DNA 配体与 6IJW 之间的结合，配体应与三个芳香族特征相匹配。
B. G-四链体（PDB ID 6CCW - 右图）：基于嵌入 G-四链体中嵌入的表小檗碱存在的药效团模型。配体应由三个芳香族部分（F1、F2 和 F3）组成，它们可以堆叠在 DNA 核碱基 G12、G16、A15 和 T13 之间。
DNA 及其天然配体以灰色显示，对接配体以黄色显示。
分子特性
