溴结构域化合物库
针对溴结构域的特选分子
15 360 种化合物
溴结构域是在多种蛋白质中发现的蛋白质结构域，参与识别组蛋白上的乙酰化赖氨酸残基。这些结构域因其能够识别形状类似于溴离子的乙酰化赖氨酸侧链而得名。溴结构域在调节基因表达和染色质结构方面至关重要，因为组蛋白的乙酰化与染色质开放性和活性基因转录有关。含溴结构域蛋白的失调与多种疾病有关，包括癌症和炎症。因此，溴结构域已成为药物发现工作的热门靶点，并由多种小分子抑制剂正在开发中，用于治疗癌症和其他疾病。
我们的研究重点是寻找针对最重要的溴结构域家族的活性化合物：BET 亚家族：包括 BRD2、BRD3、BRD4和 BRDT 溴结构域，其特点是有一个延伸的 ZA 环，可与组蛋白上的乙酰化赖氨酸残基相互作用。GCN5 相关亚家族：该亚家族包括在组蛋白乙酰转移酶中发现的 GCN5 和 PCAF 溴结构域，并且具有比 BET 亚家族更短的 ZA 环。类 TAF1 亚家族：TAF1 和 TAF1L 溴结构域存在于转录因子 TFIID 中，并具有与其它复杂亚基相互作用的 N 端延伸。类 ATAD2 亚家族：ATAD2 和 ATAD2B 溴结构域存在于 AAA+ ATP 酶中，其具有长 ZA 环以及第二和第三 α 螺旋之间独特的插入片段。此外，我们还对同样含有溴结构域的 BPTF 蛋白进行了对接计算。
典型格式
溴结构域化合物库可以提供各种预装板（pre-plated）格式，包括以下最受欢迎的几种：
| 目录号 | 化合物数量 | 规格 | 储存形式 | 价格 |
| BRD-15-0-Z-10 | 15 360 12块板 |
≤300nL@10mM DMSO溶液 |
1536孔Echo LDV微孔板 前4列和后4列留空，每板1280个化合物 |
立即询价 |
| BRD-15-10-Y-10 | 15 360 48块板 |
≤10µL@10mM DMSO溶液 |
384孔LDV微孔板，Echo认证#001-12782 (LP-0200) 前2列和后2列分别留空，每板320个化合物 |
立即询价 |
| BRD-15-50-Y-10 | 15 360 48块板 |
50μL@10mM DMSO溶液 |
384孔板（Greiner Bio-One plates #781280） 第1、2和23、24列留空，每板320个化合物 |
立即询价 |
* 我们很乐意以最方便您项目的格式提供我们的化合物库。请在以下我们标准的微孔板中进行选择：Greiner Bio-One 781270、784201、781280、651201 或 Echo Qualified 001-12782 (LP-0200)、001-14555 (PP-0200)、001-6969 (LP-0400)、C52621，或者您可以提供您偏好的实验器具。如需化合物混合池，我们也可以根据要求提供。
下载SD文件
- 库代码：BRD-15
- 版本：2023年12月7日
- 10 360 种化合物
- EPG-38080 子库
库的设计
我们采用基于结构的方法，即分子对接计算，作为化合物库设计的主要方法。从 PDB 和 PDBe 中分析和提取了每个溴域亚家族的所有可用 PDB 结构。我们选择了独特的“蛋白质-配体”复合物进行分析。我们的研究包括了以下 PDB 结构：BRD2（4j1p、4a9o、5uew、6ffe、7l6d、7l9j 和 7oe8），BRD3（3s91 和 7l9l），BRD4（7ajn、7axr 和 7c2z），以及 BRDT（4flp、7l9a 和 7mrg）；PCAF（5fdz 和 5fe5）；TAF1（5i1q、6p38 和 7jjg）；ATAD2（6veo）；以及 BPTF（5r4i、6lu5 和 7lp0）。
所有模拟都具有一个共同特征：潜在配体与溴结构域结合口袋内的天冬酰胺（Asn）结合。所有其他结合点都取决于特定的溴结构域及其天然配体的结构。例如，在下图中，展示了 7l6d 的对接示例。该模型具有以下关键特征：（1）一个与 Asn 429 相互作用的氢键受体，一个 HOH 分子（与 Tyr 386 形成一个氢键桥），结合口袋另一部分的氢键受体与 Asp 377 的肽骨架相互作用；（2）两个芳香基团填充在 Val 435、Leu 383 和 Pro 371、Leu 381 之间的亚口袋；以及（3）任何原子基团填充在 Tyr 428、Asn 429 和 Leu 383之间的亚口袋。相比之下，在下图（5fe5）中，模型应包含略微不同的结合特性：（1）一个与 Asn 803（一个 HOH 分子）相互作用的氢键受体（与 Tyr 760 形成氢键桥）（2）两个芳香基团填充结合口袋，并可能与 Tyr 809 形成堆积相互作用。
溴结构域分子对接的模拟示例
采用以下配色方案进行了与溴结构域的分子对接模拟：红色球代表氢键受体，蓝色球代表氢键供体，橙色球代表芳香基团，灰色球代表任何其他原子类型。蛋白质及其天然配体以灰色突出显示，而对接配体的示例以黄色显示。
分子特性
